Αποστολή του είναι η άμυνα και η προστασία της χώρας. Ασχολείται με διοικητικά, εκπαιδευτικά και επιτελικά καθήκοντα τόσο στη θάλασσα όσο και στις ναυτικές υπηρεσίες της ξηράς. Μπορεί, επίσης, να πραγματοποιεί πτήσεις με αεροσκάφη ή καταδύσεις με υποβρύχια. Στους μάχιμους αξιωματικούς τα υπηρεσιακά καθήκοντα είναι ανάλογα με το βαθμό τους. Έτσι, μπορεί να είναι κυβερνήτες ή ύπαρχοι στα πλοία επιφανείας και στα υποβρύχια, στα αεροσκάφη ναυτικής συνεργασίας και στα ελικόπτερα του Πολεμικού Ναυτικού. Υπηρετούν επίσης ως αξιωματικοί και διοικητές Ναυτικών και Μικτών Επιτελείων, ως διοικητές ομάδας πλοίων, ως στρατιωτικοί ακόλουθοι σε ελληνικές πρεσβείες του εξωτερικού, σε στρατηγεία του ΝΑΤΟ κ.λπ. Οι μηχανικοί αξιωματικοί Π.Ν. ανάλογα με το βαθμό τους, υπηρετούν σε θέσεις της ειδικότητάς τους και συγκεκριμένα ως πρώτοι και δεύτεροι μηχανικοί σε πλοία και υποβρύχια, ως διευθυντές τεχνικών υπηρεσιών στους ναυστάθμους και στα ναυπηγεία, ως επιτελείς Ναυτικών και Μικτών Επιτελείων στα στρατηγεία του ΝΑΤΟ, σε ελληνικές πρεσβείες του εξωτερικού κ.α. Εξειδικεύονται σε σχολές της Ευρώπης και της Αμερικής ως μηχανικοί, ηλεκτρολόγοι, ηλεκτρονικοί και ναυπηγοί. Οι αξιωματικοί των Σωμάτων, δηλαδή οι γιατροί, φαρμακοποιοί, οικονομικοί, στρατολόγοι και δικαστικοί εργάζονται αντίστοιχα σε υγειονομικές, οικονομικές, στρατολογικές και δικαστικές υπηρεσίες, όπως και οι αντίστοιχοι συνάδελφοί τους του Στρατού Ξηράς και της Πολεμικής Αεροπορίας.