Αντικείμενο της εργασίας του είναι η έρευνα για την πιθανή ύπαρξη άγνωστων, παράξενων ή αλλόκοτων (και συχνά θεωρούμενων ως εξαφανισμένων) έμβιων όντων, χερσαίων, θαλάσσιων και ιπταμένων. Η κρυπτοζωολογία είναι η μεθοδολογία της ανακάλυψης ενός κρυμμένου ζώου. Κρυμμένο από το σύγχρονο άνθρωπο. Ο κρυπτοζωολόγος ασχολείται με την ανακάλυψη μορφών ζωής που μέχρι σήμερα θεωρούνταν εξαφανισμένες ή ζώων που η επιστήμη της ζωολογίας αμφισβητεί την ύπαρξή τους. Γενικά θα μπορούσε να πει κανείς ότι «κρυμμένο» μπορεί να είναι ένα οποιοδήποτε ζώο που φημολογείται η ύπαρξή του, χωρίς όμως «επίσημα» να έχει αποδειχθεί ως υπαρκτό πλάσμα. Κρυμμένα ζώα μπορεί να είναι ζώα που δεν ταιριάζουν με τις περιγραφές των γνωστών υπαρχόντων ή ειδών που εξαφανίσθηκαν, ζωικοί πληθυσμοί που βρίσκονται σε απροσδόκητες θέσεις (π.χ. καγκουρό στην Ευρώπη), πληθυσμοί ζώων με περίεργη εμφάνιση - μέγεθος - χρώμα (π.χ., ελέφαντες νάνοι) ή ζώα που υποθετικά έχουν εξαφανιστεί. Κατά συνέπεια ο κρυπτοζωολόγος ενδιαφέρεται για την έρευνα και τη μελέτη των κρυμμένων ζώων όπου και αν βρίσκονται. Στην ξηρά, στη θάλασσα, στα ποτάμια, στις λίμνες, στα βουνά, στα δάση, στις έρημους. Ακόμα και στις πόλεις, στα πάρκα, έως και στους κήπους των σπιτιών. Για τη μελέτη της χαμένης ζωής αναζητά και επεξεργάζεται ιστορικές αναφορές για παράξενα τέρατα και άγνωστα ζώα σε περιοχές ανεξερεύνητες από τα αρχαία χρόνια, έρχεται σε επαφή με διάφορους επιστήμονες και ερευνητές, αυτόπτες μάρτυρες, κατοίκους απομονωμένων περιοχών που ισχυρίζονται ότι τα συνάντησαν, παλιούς ναυτικούς που αφηγούνται ιστορίες για τεράστια καλαμάρια και χταπόδια, θαλάσσια τέρατα και κήτη, και για επιθέσεις γιγαντιαίων πλασμάτων σε πλοία. Μελετά αντίστοιχες σκηνές σε γκραβούρες της εποχής, σε παραδόσεις ναυτικών χωρών, σε ινδιάνικες μαρτυρίες και σε λαϊκούς μύθους. Το πεδίο των ενδιαφερόντων του καλύπτει η έρευνα για πλάσματα εντυπωσιακά και τρομακτικά στη μορφή, υπερμεγέθη ή με υπερφυσικές ιδιότητες. Άλλωστε, σχεδόν κανένας κρυπτοζωολόγος δεν ενδιαφέρεται να ανακαλύψει ένα νέο είδος πεταλούδας ή κάμπιας. Το πιο διάσημο τέρας είναι η θρυλική Νέσι (το τέρας του Λοχ Νες), ενώ επίσης πολύ γνωστοί είναι ο πιθηκάνθρωπος Γέτι των Ιμαλαΐων, ο πιθηκάνθρωπος Μεγαλόποδας της Βόρειας Αμερικής και ο πτερόσαυρος, το προϊστορικό ορνιθοερπετό που πολλοί ισχυρίζονται ότι έχουν δει κυρίως στην Αφρική και την Αμερική. Συνήθως, βρίσκει λίγες αποδείξεις για την ύπαρξή τους, συλλέγει λιγοστές και συχνά θολές φωτογραφίες από άτομα που ισχυρίζονται ότι είδαν περίεργα πλάσματα και τα απαθανάτισαν, και προσπαθεί να ανακαλύψει ίχνη τους και να ξετυλίξει το μυστήριο της ύπαρξής τους. Στη διάθεσή του έχει διάφορα αποδεικτικά στοιχεία, όπως εκμαγεία αποτυπωμάτων, περιττώματα, τρίχες, τμήματα οστών. Έργο του αποτελεί η προσπάθεια να ανακαλύψει σε τι είδους πλάσμα μπορεί να ανήκουν τα πολύτιμα αυτά ευρήματα, ώστε να το κατατάξει ως νέο είδος ή σε κάποιο χαμένο κρίκο της ζωϊκής ή και ανθρώπινης εξέλιξης. Σε ορισμένες περιπτώσεις είναι δυνατόν κάποιο αρχαίο υπαρκτό, συνήθως υδρόβιο, πλάσμα να εγκλωβιστεί σε μια γεωλογική λεκάνη (λίμνη) μετά από κάποια τεκτονική ή γεωλογική ανακατάταξη και να συνεχίζει να επιβιώνει και να αναπαράγεται μέχρι σήμερα πιθανόν με κάποιες μεταλλάξεις για καλύτερη προσαρμογή. Για παράδειγμα, σήμερα η επιστήμη της ζωολογίας αναγνωρίζει το γιγάντιο καλαμάρι ως υπαρκτό είδος, όπως και τον κοιλάκανθο (ένα μυστηριώδες αινιγματικό ψάρι με άσχημη όψη) που θεωρείται ως ο ενδιάμεσος κρίκος μεταξύ των ψαριών και των ζώων που ζουν στη στεριά και η επιστήμη θεωρούσε πως είχε εκλείψει πριν από περίπου 80 εκατομμύρια χρόνια, κατά την Ανώτερη Κρητιδική Περίοδο. Έργο, λοιπόν, του επιστήμονα της κρυπτοζωολογίας είναι να διαχωρίσει την πραγματικότητα από τους θρύλους και τους μύθους που δημιουργούνται συνήθως για καθαρά εμπορικούς ή οικονομικούς λόγους. Αν εξαιρέσουμε την περίπτωση της εσκεμμένης πλάνης ή της φαντασίας ορισμένων εκ των μαρτύρων, αρκετές περιπτώσεις αξίζει να ερευνηθούν. Και αυτό γιατί πολλές φορές κάτι που οι επιστήμονες θεωρούσαν ότι δεν υπήρχε ή είχε εξαφανιστεί από αιώνες, βρέθηκε ξαφνικά και ανέτρεψε τις ισχύουσες θεωρίες.