Η πρόληψη, η φροντίδα, η θεραπεία και η προστασία της υγείας των ζώων από τις διάφορες ασθένειες είναι το κύριο αντικείμενο της εργασίας του. Πιο συγκεκριμένα, ο κτηνίατρος χειρούργος ασχολείται με την εξέταση των ζώων προκειμένου να διαπιστώσει πιθανές ασθένειες (εχινοκοκκίαση, φυματίωση κ.ά.) και προβαίνει στους απαραίτητους εμβολιασμούς για να βελτιώσει την κατάσταση της υγείας του αλλά και για να εμποδίσει τη μετάδοσή τους στον άνθρωπο, που μπορεί μερικές φορές να αποβούν επικίνδυνες για τη ζωή του. Ακόμη, κάνει διάφορες εξετάσεις (ακτινογραφίες κ.ά.) προκειμένου να διαγνώσει την κατάσταση της υγείας του ζώου και σε περίπτωση που διαπιστώσει πιθανό τραυματισμό ή συγκεκριμένη πάθηση προβαίνει, εφόσον το κρίνει απαραίτητο, σε χειρουργική επέμβαση για την αποκατάσταση της υγείας του. Επίσης, ασχολείται με γέννες και στειρώσεις και δίνει τις απαραίτητες συμβουλές για τη διατροφή, τη περιποίησή και τη βελτίωση των συνθηκών διαβίωσης των ζώων. Τέλος, ο κτηνίατρος χειρουργός σε συνεργασία με άλλους ιατρούς συναφούς ειδικότητας (κτηνίατρους, επόπτες δημόσιας υγείας κ.ά.) εξετάζει τα ζώα που προορίζονται για σφαγή και ελέγχει τις τροφές ζωϊκής προέλευσης που προορίζονται για την ανθρώπινη διατροφή.