Η μελέτη, η διάγνωση και η θεραπευτική αντιμετώπιση των παθήσεων των οστών των γνάθων, του βλεννογόνου του στόματος, των σιελογόνων αδένων, των ιγμορίων και της κροταφογναθικής διάρθρωσης είναι το κύριο αντικείμενο της εργασίας του. Πιο συγκεκριμένα, ο οδοντίατρος με ειδίκευση την παθοβιολογία στόματος ασχολείται με τη διάγνωση και θεραπεία των νόσων του στόματος (ερυθροπλακία, άφθες, πέμφιγα, επουλίδες, εγκαύματα στο στόμα κ.ά.) και άλλων παθήσεων των γνάθων (βρυγμός, προγναθισμός, αγκύλωση κροταφογναθικής, οστεομυελίτιδα κ.ά.) και των σιαλογόνων αδένων (ξηροστομία, σιαλόρροια, λιθίαση σιαλογόνων αδένων, σιαλαδενίτιδα οξεία ή υποτροπιάζουσα), καθώς και με τη διερεύνηση της αιτιοπαθογένειας και των ιστοπαθολογικών χαρακτηριστικών των νόσων του στοματικού βλεννογόνου και των γνάθων. Για παράδειγμα, η λευκοπλακία είναι νόσος που προσβάλλει το εσωτερικό του στόματος (βλεννογόνο), κατά την οποία εμφανίζονται λευκές πλάκες και χρειάζεται να διαγνωστεί έγκαιρα, γιατί μπορεί να εξελιχθεί σε κακοήθεια με οδυνηρές συνέπειες για τον ασθενή. Τέλος, ο οδοντίατρος με ειδίκευση στην παθοβιολογία του στόματος εφαρμόζει, σε συνεργασία με άλλους ειδικούς (παθολογοανατόμους, ακτινο-θεραπευτές κ.ά.), διάφορες κλινικές μεθόδους (ανοσοϊστοχημικές, ιστοχημικές, ιστοπαθολογικές ανοσολογικές κ.ά.), προκειμένου να διαγνώσει και να αντιμετωπίσει γενικότερα κρανιοπροσωπικά προβλήματα και διαταραχές της διάπλασης του κρανιοπροσωπικού συμπλέγματος.