Αντικείμενο της εργασίας του είναι η έρευνα και η μελέτη, από χημική και φαρμακοχημική άποψη, ουσιών φαρμακευτικού και βιολογικού ενδιαφέροντος. Πιο συγκεκριμένα, ο φαρμακοποιός με ειδίκευση στη φαρμακοχημεία - φυσικά προϊόντα μελετά ενώσεις (οργανικές, ανόργανες κ.ά.) φαρμακευτικών ουσιών και παρασκευασμάτων και ερευνά τις χημικές ιδιότητες που συνδέονται με τη δομή (ανάλυση χημικών χαρακτηριστικών ομάδων), φαρμακομορίων, με σκοπό την ταυτοποίηση, τον ποσοτικό προσδιορισμό και την ανίχνευση προσμίξεων σ’ αυτά. Ακόμη, ο συγκεκριμένος επαγγελματίας, χρησιμοποιώντας ειδικές μεθόδους (φασματοσκοπικές, χρωματογραφικές κ.ά.) ασχολείται με τη χημική μελέτη των φυσικών προϊόντων (φαρμάκων, καλλυντικών, τροφίμων κ.ά.), δηλαδή με την απομόνωση των δραστικών συστατικών τους, τον έλεγχο (καθαρότητα, περιεκτικότητα), τις ιδιότητες και τον προσδιορισμό της δομής τους. Ιδιαίτερο αντικείμενο της εργασίας του αποτελεί η μελέτη της φαρμακολογικής δράσης μακρομοριακών παραγόντων (εμβόλια, οροί, πρωτεΐνες, ορμόνες κ.ά.), και προϊόντων μεταβολισμού μικροοργανισμών που παρασκευάζονται με βιοτεχνολογικές μεθόδους. Τέλος, ασχολείται με τη μελέτη των χημικών αρχών και μεθόδων που υποβοηθούν την ανάπτυξη της φαρμακοχημείας καθώς και με τη χημική και φαρμακοχημική διερεύνηση (δράση, τύχη, αλληλεπίδραση), των βιολογικά δραστικών φαρμακευτικών ουσιών και παρασκευασμάτων.