Ο ελεγκτής θαλάσσιας κυκλοφορίας ρυθμίζει την κυκλοφορία των πλοίων τόσο κατά την είσοδο και την έξοδό τους στα λιμάνια όσο και στον ευρύτερο θαλάσσιο χώρο ευθύνης του. Πιο συγκεκριμένα, ο ελεγκτής θαλάσσιας κυκλοφορίας συγκεντρώνει όλες τις πληροφορίες που αφορούν τη θέση, τον προορισμό, την ταχύτητα κ.ά. των πλοίων μέσω του ολοκληρωμένου ηλεκτρονικού πληροφοριακού συστήματος ελέγχου της θαλάσσιας κυκλοφορίας (γνωστού με τον όρο σύστημα VTΜΙS (Vessel Traffic Management Information Services).
Για το σκοπό αυτό χρησιμοποιεί τις οθόνες των ραντάρ που του δίνουν οπτική εικόνα της θέσης των πλοίων. Ακόμη, επικοινωνεί με άλλα λιμάνια και κέντρα ελέγχου θαλάσσιας κυκλοφορίας για να πληροφορηθεί κάθε μεταβολή ή κάθε συμβάν πριν ή κατά τη διάρκεια της πλεύσης ενός πλοίου και δίνει ανάλογες πληροφορίες, όταν του ζητηθούν. Είναι επίσης σε διαρκή επαφή με τους καπετάνιους των πλοίων που βρίσκονται στην περιοχή του και επικοινωνεί με την Εθνική Μετεωρολογική Υπηρεσία για να πάρει τις απαραίτητες πληροφορίες για τον καιρό, τις οποίες και αναμεταδίδει ή τις αξιοποιεί με τις οδηγίες που δίνει. Κατά τον απόπλου ή τον κατάπλου των πλοίων ο ελεγκτής θαλάσσιας κυκλοφορίας βρίσκεται σε συνεχή επαφή με τους καπετάνιους για να δώσει οδηγίες που αποσκοπούν στην ασφαλέστερη ρύθμιση της κυκλοφορίας των πλοίων στο χώρο ευθύνης του (προτεραιότητα κατάπλου ή απόπλου, αποσυμφόρηση λιμανιού κ.ά.).