Η διασφάλιση της υγείας του κοινού που καταναλώνει ψάρια ιχθυοτροφείου είναι το αντικείμενο της εργασίας του. Ειδικότερα, ο ιχθυοπαθολόγος φροντίζει για την καλή κατάσταση των εκτρεφόμενων ιχθυοπληθυσμών, λαμβάνει όλα τα απαραίτητα μέτρα για την προστασία τους από ασθένειες και χορηγεί τις σωστές θεραπευτικές αγωγές όταν χρειάζεται. Ακόμη, όταν απασχολείται σε ιχθυογεννητικούς σταθμούς, μεριμνά για την παραγωγή βιώσιμου γόνου και την αποτροπή ασθενειών, ιδιαίτερα κατά τα πρώτα στάδια της ζωής των ψαριών. Για το σκοπό αυτό, συνεργάζεται με το προσωπικό της μονάδας και τις αρμόδιες υγειονομικές αρχές και τηρεί λεπτομερή αρχεία, για διάφορα σημαντικά θέματα, όπως είναι η πυκνότητα του πληθυσμού, η διατροφή, οι ημέρες θεραπείας και τα ποσοστά τακτικής θνησιμότητας.