Αντικείμενο της εργασίας του είναι η μελέτη των μικροοργανισμών (βακτηρίων, μυκήτων, ιών και παρασίτων), που προκαλούν νόσο στα ζώα, αλλά μεταδίδονται και από τα ζώα στον άνθρωπο με αποτέλεσμα την πρόκληση ζωοανθρωπονόσων, καθώς και η διάγνωση των λοιμωδών και παρασιτικών νοσημάτων των ζώων, και τέλος η μελέτη των ανοσολογικών μηχανισμών των ζώων έναντι των μικροοργανισμών. Ειδικότερα, ο κτηνίατρος στη μικροβιολογία και παρασιτολογία ασχολείται με την εξέταση βασικών ιδιοτήτων των μικροβίων καθώς και με την περιγραφή και την ταξινόμηση των βακτηρίων και των μυκήτων που παρουσιάζουν κτηνιατρικό ενδιαφέρον με ιδιαίτερη έμφαση στην οικολογία και στις ιδιότητες που είναι υπεύθυνες για τη παθογόνο δράση τους. Για το σκοπό αυτό χρησιμοποιεί μεθόδους εργαστηριακής διάγνωσης και αφιερώνει αρκετό χρόνο για την παρατήρηση και τη συστηματική μελέτη των μικροβίων. Επίσης, ασχολείται με τη μορφολογία και τη χημική σύσταση των ιών, μελετά την επίδρασή τους στα κύτταρα, εξετάζει στοιχεία της γενετικής τους, ταξινομεί τους σπουδαιότερους με βάση τη παθογόνο δράση τους και επιχειρεί να αναπτύξει τεχνικές απομόνωσής τους από το ζωικό οργανισμό. Παράλληλα, συνεργάζεται με χημικούς και άλλους επιστήμονες για την παρασκευή φαρμάκων. Ακόμη, στα επιστημονικά του ενδιαφέροντα εντάσσεται η ονοματολογία, η ταξινόμηση, η μικροσκοπική παρατήρηση της μορφολογίας και της βιολογίας των κυριότερων παρασίτων (πρωτόζωα, τρηματώδη, κεστώδη, νηματώδη, ακανθοκέφαλα, κρικωτοί, σκώληκες, αρθρόποδα), η μελέτη των σχέσεων παρασίτων και ξενιστών και ο προσδιορισμός της οικονομικής σημασίας των παρασιτώσεων με έμφαση στην αιτιολογία, την παθογένεια, την επιζωοτιολογία, τη σχέση με τη δημόσια υγεία και την εργαστηριακή διάγνωση, πρόληψη και θεραπεία. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει και η ενασχόληση με τα λοιμώδη νοσήματα των ζώων, τα οποία οφείλονται σε ιούς, βακτήρια και μύκητες και είναι δυνατόν να προσβάλουν την υγεία του ανθρώπου και να πάρουν τη μορφή επιδημίας. Σε αυτήν την περίπτωση, έργο του κτηνίατρου αποτελεί η διάγνωση και η θεραπεία της ασθένειας των ζώων μετά από κλινικές και παρακλινικές εξετάσεις και η λήψη προληπτικών μέτρων για την προστασία των ανθρώπων από ζωοανθρωπονόσους και την αποτροπή πιθανής θανατηφόρου ή μη επιδημίας.