Αντικείμενο της εργασίας του είναι η χρησιμοποίηση των επιστημών της Πληροφορικής και της Τεχνολογίας των Ηλεκτρονικών Υπολογιστών για την επίλυση προβλημάτων της Βιολογίας και των υπολοίπων Επιστημών Ζωής. Ειδικότερα, ο βιοπληροφορικός ασχολείται με τον υπολογισμό, την αποθήκευση, την ανάλυση, τη γραφική αναπαράσταση, την προσομοίωση/μοντελοποίηση και τελικά τη μετάδοση βιολογικών πληροφοριών με τη βοήθεια της τεχνολογίας. Αντιμετωπίζει τη βιολογία ως μια πληροφορική επιστήμη με την έννοια ότι η βάση της βιολογίας (το γονιδίωμα) χρησιμοποιεί ψηφιακή γλώσσα, τα στοιχεία του γενετικού κώδικα υπόκεινται σε ρυθμιστικό δίκτυο πρωτεϊνών και το όλο σύστημα έκφρασης της βιολογικής πληροφορίας είναι ταυτόχρονα πολύπλοκο και ιεραρχικό. Στην προσπάθειά του να συλλάβει και να ολοκληρώσει τα διάφορα επίπεδα βιολογικών πληροφοριών αναπτύσσει λογισμικά εργαλεία ανάλυσης και διαχείρισης δεδομένων, οργανώνει και διασυνδέει βάσεις βιολογικών δεδομένων (αλληλουχιών DNA, αμινοξικών αλληλουχιών, στερεοδιατάξεων πρωτεϊνών, δεδομένων λειτουργικής γονιδιωματικής, οικογενειών πρωτεϊνών κ.λπ.), και δημιουργεί μοντέλα προσομοίωσης βιολογικών συστημάτων, όπως των λειτουργιών του κυττάρου, των ιστών, των οργάνων κ.ά. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει η ενασχόληση με το μοριακό σχεδιασμό βιοδραστικών ενώσεων και το συσχετισμό του γενετικού υπόβαθρου με την ανταπόκριση σε θεραπεία (φαρμακογενομική), με στόχο την αντιμετώπιση διάφορων μολυσματικών ασθενειών μέσα από μακρόχρονες βιολογικές έρευνες. Επιπλέον, αντιμετωπίζει την πληθώρα και την ετερογένεια των προβλημάτων των επιστημών ζωής και προσφέρει δυναμική ανάδραση ανάμεσα στην επίλυσή τους και την παραπέρα ανάπτυξη νέων μεθόδων προσπέλασής τους (γενετικοί αλγόριθμοι, νευρωνικοί υπολογιστές, κλπ.) με κέρδη για τη βασική και εφαρμοσμένη έρευνα και την προσφορά υπηρεσιών υγείας.