Η διακυβέρνηση του πλοίου και η διοίκηση του πληρώματος κατά τη διάρκεια του πλου είναι το αντικείμενο της εργασίας του. Καθορίζει την πορεία του πλοίου με τη βοήθεια των κατάλληλων ναυτικών οργάνων, όπως η πυξίδα, οι ναυτικοί χάρτες, το ραντάρ, ο εξάντας και άλλα ναυτικά ηλεκτρονικά όργανα. Ενημερώνει καθημερινά το ημερολόγιο του πλοίου για τα συμβάντα. Με τη βοήθεια του υποπλοιάρχου και του ανθυποπλοιάρχου οργανώνει και επιβλέπει τις εργασίες του πληρώματος και είναι υπεύθυνος για την ασφαλή και καλή μεταφορά των εμπορευμάτων που παραλαμβάνει και για τη σωστή φόρτωση, ώστε να μην κινδυνεύει η ευστάθεια του πλοίου. Αν κατά τη διάρκεια του πλου γίνει κάποια εγκληματική ενέργεια στο πλοίο, ο πλοίαρχος εκτελεί καθήκοντα ανακριτή και επίσης προσφέρει ιατρική περίθαλψη σε ελαφρά περιστατικά, είτε μόνος του, είτε παίρνοντας οδηγίες από παράκτιους ιατρικούς σταθμούς, όταν πρόκειται για πιο βαριά περιστατικά. Εκτός από τα παραπάνω καθήκοντα, ο πλοίαρχος αναλαμβάνει τη διαπραγμάτευση του ναυλοσυμφώνου με τους ναυλωτές, εκτελεί καθήκοντα ληξιάρχου και μετέχει σε διάφορες εμπορικές συναλλαγές που αφορούν την εύρεση ναύλου, ως αντιπρόσωπος των πλοιοκτητών.